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경상남도수산자원연구소는 경남의 수산업 발전을 위하여 수산종묘의 생산공급 및 종묘 방류사업, 새로운 종묘 생산기술 개발을 목적으로 1968년 경상남도연어인공부화장으로 개소하여, 해면분야를 담당하는 본소와 내수면분야를 담당하는 지소로 개편되어 오늘에 이르고 있다.
최근 우리수산업계가 외적으로는 UN해양법협약 발효에 따른 어업협정 체결 등으로 조업어장 축소와 신 해양질서 재편 및 해양환경 오염 등으로 어업여건이 악화되고, 내적으로는 수산물 수입급증으로 인한 양식 기반 위축과 소득기반 및 정주환경 취약으로 어촌 이탈과 고령화 현상이 가속화 되어 많은 어려움에 직면하고 있으며, 양식어종의 편중으로 양식산업의 경쟁력이 떨어지는 것도 사실이다.
이에 경상남도수사자원연구소에서는 각종 수산정보의 신속한 제공과 수산자원 증강을 통해 어업인 소득이 증대될 수 있도록 노력하고 있으며, 신품종 종묘생산 및 양식품종 다변화를 위해 연구하고 있다.